Які методології синтезу використовує Biorunstar для синтезу пептидів?
RE: Biorunstar розробила різні методології синтезу фаз розчину для задоволення вимог клієнтів. Зазвичай застосовують твердофазну хімію Fmoc.
Як ви доставляєте пептиди? Які дані КЯ будуть надані?
RE: Усі пептиди будуть доставлені DHL або FedEx Express у вигляді ліофілізованого порошку в індивідуальних добре маркованих флаконах при кімнатній температурі. За винятком необроблених пептидів, які перевірятимуть лише спектрометрією MALDI-MASS, усі синтетичні очищені пептиди постачаються зі звітом про проект (CoA), даними MS та даними HPLC. будуть надані таблиці даних, які містять ключові характеристики, такі як пептидна послідовність, чистота, кількість, модифікація, дані мас-спектру та дані ВЕРХ.
Який типовий час обороту для синтезу пептидів? Скільки часу потрібно, щоб відправити мені?
RE: Наш типовий час виконання становить 2-3 тижнів для стандартного пептиду, що містить менше 30 амінокислот. Час обороту змінюється залежно від довжини пептиду, кількості, розчинності та складності. Зазвичай потрібно 3-5 днів, щоб зв’язатися з дослідниками в інших країнах.
Як довго ви можете синтезувати?
RE: Biorunstar має великий досвід у синтезі довгих пептидів, до 130 аа. На відміну від багатьох постачальників пептидів, яким зручно виробляти лише пептиди з концентрацією менше 30 або 40 амінокислот, Biorunstar має хороший досвід у виробництві пептидів від 40 амінокислот до 90 амінокислот. Синтезувати довгі пептиди, особливо довжиною 100 амінокислот або довше, важко. Якщо ви плануєте синтезувати послідовність 130 амінокислот або довшу, будь ласка, зв’яжіться з нами, щоб отримати спеціальну експресію білка та послугу очищення.
Що робити, якщо в процесі синтезу або очищення виникнуть проблеми?
RE: Кожен пептид має свої специфічні характеристики. Якщо під час синтезу виникнуть якісь проблеми, які перевищують наші очікування, і ми не зможемо доставити ваш пептид вчасно, ми повідомимо вас якомога швидше. Випадково ми не можемо виготовити пептид, з вас не стягуватиметься жодна плата.
TFA форма солі, ацетат або HCl форма солі: Яку форму мені вибрати?
За замовчуванням пептиди синтезуються в солі TFA. Для експериментів, пов’язаних з культурою клітин або тканин, вам слід розглянути можливість виробництва пептидів у формі ацетату або солі HCl на рівні 98% або вище, щоб уникнути аномальних реакцій. За додаткову плату можна замовити форму солі ацетату або HCl.
Який термін зберігання пептиду?
RE: Пептиди стабільні протягом мінімум одного року, якщо зберігаються в ліофілізованій формі в морозильній камері. Якщо пептиди розчинені, термін придатності може зменшитися. Якщо пептиди містять кілька реакційноздатних амінокислот, які можуть окислюватися, як Trp, Met, але особливо Cys, термін зберігання також може бути зменшений.
Пептид містить декілька цистеїнів і тому може легко утворювати дисульфідні зв’язки. Як цього уникнути?
RE: Якщо пептидна послідовність містить кілька цистеїнів або інших реактивних амінокислот, які легко окислюються, Biorunstar пропонує доставити пептид зі слідами сильного відновника DTT. Пептид поставляється з DTT, лише якщо це спеціально дозволено клієнтом.
Як зберігати мої синтетичні пептиди?
RE: Більшість ліофілізованих пептидів будуть стабільними при кімнатній температурі протягом 2-3 тижнів. Для тривалого зберігання ліофілізовані пептиди слід зберігати при -20 градусі. Слід уникати повторних циклів заморожування-відтавання. Перед відкриттям дайте нагрітися до кімнатної температури. Термін придатності пептидних розчинів обмежений; приготований розчин пептиду слід використати якомога швидше.
Яка чистота неочищеного пептиду та знесоленого пептиду? Як ви очищаєте пептид? Що таке домішки?
RE: Для коротких пептидів із нормальною послідовністю менше 15 аа це зазвичай становить 40-60% за ВЕРХ для неочищеного сорту; 50-70% за ВЕРХ для знесоленого сорту. Чим довший пептид, тим нижча чистота сирого або знесоленого. Пептиди зазвичай очищають за допомогою ВЕРХ з використанням градієнта води та ацетонітрилу. Більшість домішок — це фрагменти або делеційні пептиди, пептиди з неповним захистом, а також залишки солі та води.
Пояснення чистоти пептиду за допомогою ВЕРХ, загального вмісту пептиду та цільового вмісту пептиду.
RE: Biorunstar доставляє пептиди відповідно до маси брутто ліофілізованого порошку. Ліофілізований порошок містить такі домішки, як фрагменти або делеційні пептиди, пептиди з неповним захистом, TFA і залишкову воду. Чистота пептидів вимірюється за допомогою ВЕРХ. Це кількість правильного пептиду по відношенню до всіх аналітів, які поглинають при ~214 нм (пептидний зв’язок поглинає), швидше за все, делеції, усічення або неповністю зняті захищені послідовності тощо. Чистота пептиду за ВЕРХ не враховує воду та солі які зазвичай присутні у зразку. Загальний вміст пептидів – це відсоток загальної кількості присутніх пептидів відносно всього вмісту ліофілізованого пептидного порошку. Загальний вміст пептидів визначається аналізом вмісту азоту. Таким чином, цільовий вміст пептиду в порошку ліофілізованого пептиду можна визначити за формулою: загальний вміст пептиду X чистота пептиду за ВЕРХ.
Який метод мічення флуоресцеїном?
RE: FITC (флуоресцеїну ізотіоціанат) є активованим попередником, який використовується для маркування флуоресцеїном. Для ефективного N-кінцевого маркування, семиатомний аміногексаноіл
між флуорофором (флуоросцеїном) і N-кінець пептиду. Цей спейсер допомагає відокремити флуорофор від точки його приєднання, потенційно зменшуючи взаємодію флуорофора з біомолекулою, з якою він кон’югований, і роблячи його більш доступним для вторинних реагентів виявлення.
Чи можливе С-кінцеве маркування біотину (або FITC)?
RE: Так. С-кінцеве мічення біотину (або FITC) здійснюється додаванням залишку лізину на С-кінці пептиду, і біотин (або FITC) приєднується до бічного ланцюга лізину через амідний зв’язок. Позитивний заряд лізину видаляється.
Яка відповідна довжина пептиду для виробництва антитіл?
RE: Зазвичай рекомендується пептид із залишком 10-25. Довший пептид може мати більше епітопів, але також може мати більше шансів утворити стабільні вторинні структури, які не є нативними формами. Коротший пептид (<10aa) is generally not good unless there are valid reasons for it, such as potential sequence homology with a related family member or other proteins.
Що таке КАРТА?
RE: MAPS або мультиантигенний пептид — це розгалужений пептид, у якому лінійні пептидні ланцюги з’єднані на С-кінці через полілізинове ядро, збільшуючи таким чином розмір усієї молекули. Це робиться для усунення зчеплення пептидів з KLH. Проте здається, що конформація пептидів на MAP є менш гнучкою, і антитіла, отримані за допомогою MAP, зазвичай розпізнають білок-мішень рідше, ніж за допомогою звичайної кон’югації KLH. Крім того, при створенні MAPS не утворюється вільний пептид, що ускладнює видалення антитіл, спрямованих на полілізинове ядро. Очищення MAPS за допомогою ВЕРХ є складним, і MAPS надається без масової перевірки через його гетерогенність і великий молекулярний розмір.
Чому мій KLH-кон'югований пептидний розчин виглядає каламутним?
RE: KLH або гемоціанін Keyhole Limpet є великим агрегуючим білком (MW=4x105 – 1x107). Через його розмір і структуру його розчинність у воді обмежена, що спричиняє помутніння. Це не впливає на імуногенність, і каламутний розчин можна використовувати для імунізації.
Чи можете ви пояснити піки маси M+Na та M+K у спектрах MALDI?
RE: У спектрі MALDI дуже часто можна побачити адукти Na (натрій) і K (калій). Натрій і калій надходять із води, яка використовується в пептидних розчинниках. Навіть дистильована та деіонізована вода містить невеликі кількості іонів натрію та калію, які неможливо повністю видалити. Вони стають іонізованими під час процесу мас-спектрометрії MALDI і зв’язуються з вільними карбоксильними групами пептиду. Оскільки немає жодної системи очищення води, яка б видаляла з води кожен іон натрію чи калію, спостерігати аддукти натрію та калію іноді є дуже поширеним і неминучим у масовій специфікації MALDI. Це не означає, що пептид не є чистим, і його не слід плутати з неправильною молекулярною масою.