Функція захисних груп полягає в тому, щоб ізолювати конкретні функціональні групи під час процесу синтезу, захищаючи їх від перешкод і лише видаляючи захисні групи після завершення специфічних реакцій для відновлення активності цільової молекули. Процес видалення захисних груп зазвичай вимагає м'яких умов, щоб уникнути пошкодження цільової молекули. Наприклад, метод видалення ROH із захищених спиртів зазвичай полягає у виробництві ефірів (ROR ') або складних ефірів (ROCOR'), а потім їх гідролізу або підкислення у відповідних умовах.
Таким чином, роль захисних груп у синтезі PNA є вирішальною, оскільки вона забезпечує ефективний синтез складних молекул, уникає нецільових реакцій і може бути вибірково видалена, коли це необхідно, для отримання очищених продуктів PNA.